本科学院系统是该校的一个特色。其组织方式是从牛津大学和剑桥大学引用过来的,与普林斯顿大学类似。每个学院有它自己的校园和学生宿舍,其学科也各不相同,每个学院的学科要求和学术哲学也各不相同。不论学生选择哪个学院,学生也可以在圣迭戈加州大学所提供的任何学科里获得学士学位。
圣迭戈加州大学有七个本科学院:
瑞弗尔学院 (Revelle College)
登巴·缪尔学院(John Muir College)
瑟古德·马歇尔学院(Thurgood Marshall College)
厄尔·沃伦学院(Earl Warren College)
埃莉诺· 罗斯福学院(Eleanor Roosevelt College)
第六学院(Sixth College)
第七学院(Seventh College)
1964年建立的瑞弗尔学院是该校的第一个学院,其主要方向是西方古典主义的文学艺术。 1967年建立的登巴·缪尔学院是第二个学院,提供弹性且有选择性的基本教育。 1970年建立的瑟古德·马歇尔学院强调合作和多文化主义。 1974年建立的厄尔·沃伦学院强调全面化的教育,同时要求其学生选择两个不相关的学科作为主科。 1988年建立的埃莉诺· 罗斯福学院强调全球化,其教育结合文化和跨学科,包含西方和非西方的文化。 2002年建立的第六学院强调文化、艺术和技术中的历史和哲学联系。
基本上,七个学院各有特色,但是一般来说,学院各有不同的通识教育课程(General Education Requirement),并且要求学生完成这些课程才能毕业。因此,各个学院的通识课程,在难度上存在着严重的差异。不同的学院的学生会在一起上自己专业或者非专业的课,只是上的通识教育课程不一样和宿舍不一样。