圣安德鲁斯大学由三个学院组成：联合学院、圣玛丽学院和圣莱昂纳德学院。和其他传统英国大学（例如牛津大学）不同，这些学院仅仅是仪式性的，最显著的特征就是学生宿舍不以学院作划分。联合学院包括了全体学习人文、科学和医学的学生，圣玛丽学院是神学院，圣莱昂纳德学院则是研究生学院。

圣安德鲁斯大学由四个主要院系和18个科系组成。联合学院院长委派一名教务长管理每个院系的日常工作。学生的管理以所在院系而非专业为标准。目前的院系和科系为：

文学院：艺术史系、古典系、经济系、英语系、电影研究系、历史系、国际关系系、管理系、现代语言系、哲学系、社会人类学系

神学院：神学系

医学院：医学系

理学院：生物系、化学系、计算机系、地理和地质学系、数学系、物理和天文学系、心理学系、神经科学系

共有6个专文理学院均有提供，分别是：经济、地理、管理、数学、心理和可持续发展，授课内容完全一致。

遵循苏格兰大学的传统，圣安德鲁斯大学采用两学期制，分别为圣马丁日学期（Martinmas）和圣烛日学期（Candlemas）。圣马丁日（11月11日）和圣烛日（2月2日）均是苏格兰历法里的一年的四分日。圣马丁日学期从每年9月初开始，持续到12月中旬，考试日放在圣诞假期前夕。圣烛日学期从每年2月开始，持续到5月末。6月末是全体学生的毕业典礼。

《卫报》在2022年度将圣安德鲁斯大学列为全英国第一的大学，击败牛津大学、剑桥大学、帝国理工学院和伦敦政治经济学院。根据2015年QS大学排名的数据，若考虑学校规模的因素，圣安德鲁斯大学位列全球中小规模综合大学第二，仅次于美国的布朗大学。2014年，英国大学官方评估排名REF根据研究产出的质量将圣安德鲁斯大学排在英国第14名，全苏格兰第一。2019年的《周日太阳报》大学排名中，圣安德鲁斯大学的名次是第2名, 首次打破了牛津与剑桥对榜单前两名位置长达三十多年的垄断.2021年《周日太阳报》大学排名更是将圣安德鲁斯大学位列榜首, 双双击败牛津与剑桥, 使其成为历史上第一所来自苏格兰的全英最好大学。圣安德鲁斯大学也是英国高等学府”萨顿联盟“（Sutton 13）的成员。

按照2011年的数据，有86%的学生获得了一等以及二级甲等学位[13]。圣安德鲁斯大学遵循苏格兰古老大学的传统，给本科毕业学生授予文学硕士（Master of Arts）和理学学士（Bachelor of Science）学位。在牛津和剑桥大学，只有在大学就读一定年数的学生才可获得文学硕士学位；而英国其他的大学仅授予本科毕业生文学学士文凭。大部分学生都以荣誉学位毕业。

2017年，圣安德鲁斯大学的毕业生就业率在全英排名第2，有97.7%的学生在毕业后的3年半内寻得工作。圣安德鲁斯大学的毕业生在全英最受主要雇主青睐的排行榜上位列第7，在苏格兰则是第1。根据《泰晤士报》和《周日泰晤士报》2016和2017年的大学指南中，圣安德鲁斯大学毕业生的平均薪资和就业前景在全苏格兰排名第1。2018年英国教育部的数据显示圣安德鲁斯大学的男性毕业生薪资环比增加了24.5%，女性则环比增加了14.8%，涨幅位列英国大学第5。尽管圣安德鲁斯大学的规模较小，但根据一家瑞典的投资银行，它却产出了英国大学之中第5多的百万富翁。另一项研究则显示，圣安德鲁斯大学毕业生中加入富时100指数公司管理层的比例是全英最高。