今日的曼彻斯特大学是由历史悠久的曼彻斯特科技大学（正式名称为曼彻斯特大学科学及技术学院）与曼彻斯特维多利亚大学于2004年合并而成。

曼彻斯特大学历史可追溯至1824年成立在全世界第一个工业城市曼彻斯特的曼彻斯特机械学院（为之后的曼彻斯特科技大学），由化学家约翰·道尔顿与曼彻斯特商人与工业巨擘筹资建设，目的在于教导工人基础的科学。1883年，学院更名曼彻斯特市立技术学校。1905年，曼彻斯特市立技术学校获得曼彻斯特维多利亚大学技术学院名义，颁授曼彻斯特维多利亚大学的学士及硕士学位，学校校长同时担任大学技术学院院长，该校亦与曼彻斯特维多利亚大学达成协议，分享技术学院的教授。1918年更名曼彻斯特市立技术学院。1955年7月29日，学院获颁授皇家特许状，更名曼彻斯特科学及技术学院，并获得英国大学教育资助委员会资助办学。1956年8月1日，曼彻斯特市议会将所有市立技术学院资产转移至新学院。1966年，学院更名“曼彻斯特大学科学及技术学院”，学院继续拥有曼彻斯特维多利亚大学技术学院名义，学生继续获颁发曼彻斯特维多利亚大学学位。1994年，学院获独立大学地位并可自行颁授学位。在2004年合校前百余年来培育了众多诺贝尔奖级的科学家。

曼彻斯特维多利亚大学则创办于1851年，当时称作欧文斯学院（Owens College），名字来自一位纺织商人约翰·欧文斯，他用96,294英镑创办了这所学院，1873年该校迁至现址。1880年，该校被授予皇家宪章，并成为新成立的维多利亚大学之第一间成员院校。其后，利物浦大学学院和利兹约克郡学院分别于1884年和1887年加入维多利亚大学。1903年，利物浦大学学院脱离维多利亚大学，单独成立为利物浦大学；而1904年，约克郡学院亦脱离维多利亚大学，成立为利兹大学。此后曼彻斯特分校作为维多利亚大学的残余部分，易名曼彻斯特维多利亚大学，也常被简称为曼彻斯特大学。在其与曼彻斯特科技大学合并前，有一万八千多名全日制学生，是英国最为著名的研究型大学之一。

曼彻斯特大学于2015年6月宣布其将重组旗下的学院架构，即将原先的4个学院重整为3个。在重整过程中，原先属于生命科学院的教职员及学生被分编到其它科系。自2016年8月重组完毕后，曼大现有3个学院，分别为生物、医学与健康学院、科学及工程学院以及人文学部；各学院下细分有不同学院及学系。2019年8月，原科学及工程学院下属之诸学院被拆分至大学科学及工程学院下，重组为系。

生物、医学及健康学院辖下设有生物科学学院、医学院和健康科学学院。科学及工程学院辖下设有工程学院和自然科学学院。工程学院设有化学工程系、计算机科学系、电机及电子工程系和机械、航空及土木工程系。自然科学学院设有化学系、地球及环境科学系、材料系、数学系和物理及天文系。人文学院辖下设有曼彻斯特商学院、艺术、语言及文化学院、社会科学院和环境、教育及发展学院。另外，曼彻斯特大学人文学院与曼彻斯特都会大学共同营运曼彻斯特建筑学院，该校之学生会在两间大学同时注册。

自2004年的合并后，新成立的曼彻斯特大学常年位于世界各大学术排名榜前50位。根据2018年THE世界大学雇主声誉排名，曼彻斯特大学位居全英第5名。在英国毕业生就业市场研究机构High Flier Research发布的2018最受顶级雇主青睐大学排名中，曼大位居全英第1名，也是该排名发布以来唯一一直稳居全英前3的大学。

曼彻斯特大学综合学术实力出色，在2024年的QS世界大学排名及2023年泰晤士高等教育世界大学排名中，曼大分别排名32（全英第6）及54（全英第8）。在由泰晤士高等教育于2021的世界大学影响力排名中，曼大位列全球第1。迄今，曼大校友、教授和研究员中共有25位诺贝尔奖得主；其现任教职员中有4位诺贝尔奖得主，为全英之冠。曼大是英国获得女王周年奖次数第二多的大学（7次），仅次于牛津大学（10次）。在2014年英国官方组织的研究卓越框架（REF）评估中，曼大的研究实力位居全英第5名，其83%的科研项目被评为“世界领先”或“国际优秀”。此外，曼大旗下的曼彻斯特商业管理学院所提供的MBA课程在2020年的QS全球MBA排名及金融时报全球MBA排名两个榜单上分列48和45。

根据高等教育统计局所作之统计，曼彻斯特大学于2021/2022学年时连研究生在内共有46,410名学生修读其所提供之逾1,000个学科种类。曼大拥有全英国最大的学生会及最国际化的学生群体。至今，曼大有约480,000名校友遍布于190个国家