滑铁卢大学有六个学院,分别为健康学院、文学院、数学学院、工程学院、理学院、环境学学院。其他教学单位包括研究生院、药剂学、眼科视光学和社会工作等研究中心。加拿大最大的环境学研究学院。学院学校共授予100多种大学学士学位,28种硕士及博士学位专业。其中以工程学院和数学学院最为著名。
健康学院:健康研究,人体运动学,休闲与企业,休闲与游憩研究,休憩治疗。
文学院:会计与财务管理 ,人类学,艺术和事务,历史研究,国际商务和资讯科技,计算和财政管理,文化管理,数码艺术通信,戏剧,经济,英语,文学,文学和修辞,修辞和专家文字,法语,法语教育,地理,德语,历史,人力资源管理,语文研习所,独立研究,拉丁语,中世纪研究,音乐,哲学,政治科学,心理学,宗教研究,俄语,宗教,斯拉夫研究,社会发展研究,社会学,西班牙语,妇女研究。
数学学院:精算学,应用数学,生物科技,工商管理及数学双学位,组合数学与最优化,计算数学,计算机科学,电脑及财务管理,物理学,数学/工商管理,数学/会计,数学/财务分析及风险管理,数学教育,运筹学,纯数,软件工程,统计。
工程学院:建筑学,化学工程,土木工程,计算机工程,电机电子工程,环境工程,地质工程,管理工程,机械工程,电子机械工程,纳米工程,软件工程,系统设计工程。
理学院:植物学系,化学系,生物系,地球科学系,物理系。
环境学学院:环境与企业,环境与资源研究,地理与航空,地理,国际发展,城市与地区规划。